Siviilipalveluskeskus seuraa koronaviruspandemian aikana tarkoin toimivaltaisten viranomaisten ohjeita ja suosituksia sekä pyrkii omilla toimillaan ehkäisemään viruksen leviämistä. Siviilipalveluskeskus on mukauttanut toimintojaan, jotta siviilipalveluksen koulutusjakson suorittaminen olisi mahdollisimman turvallista. Koulutusjakso suoritetaan osittain etänä ja lähijaksolla Siviilipalveluskeskuksessa ollaan porrastetusti. Jokaisella velvollisella on oma majoitushuone ja siivousta on tehostettu. Turvavälien pitäminen oppitunneilla, ruokailussa sekä vapaa-ajalla on tärkeää ja siitä muistutetaan velvollisia turvallisuusinfoissa.
Oppitunneilla sekä matkustettaessa velvollisia suositellaan pitämään kasvomaskia. Julkisilla kulkuneuvoilla matkustaville lähetetään etukäteen kasvomaskeja ja lähijakson aikana tarvittavat maskit saa Siviilipalveluskeskuksesta.